For students candidates (dla studentów)
in polish
Laboratorium Teorii Biopolimerów, i z nim współpracujące Laboratorium Biologii Obliczeniowej (CNBCh UW), poszukuje zmotywowanych studentów, którzy chcieliby podjąć się wykonania projektów programistycznych. W zależności od zainteresowania i stopnia zaangażowania, współpraca może mieć wymiar pracy dyplomowej (licencjackiej lub magisterskiej), udziału w projekcie publikacyjnym, czy np. praktyk.
Laboratorium zajmuje się rozwijaniem metod modelowania molekularnego białek (do przewidywania struktury białek, symulacji ich dynamiki oraz badania oddziaływań). Pakiet rozwijanych w naszej pracowni metod cieszy się sporym zainteresowaniem i ma potencjał komercjalizacyjny w przemyśle farmaceutycznym. Zajmujemy się również zastosowaniem różnego rodzaju metod (modelowania, bioinformatycznych, statystycznych) we wspomaganiu projektowania leków oraz interpretacji danych eksperymentalnych. Zaangażowanym współpracownikom oferujemy stypendia naukowe oraz udział w międzynarodowych konferencjach. Szczegółowe informacje na temat pracy Laboratorium oraz ostatnie publikacje można znaleźć na naszej stronie.
Zadania, które moglibyśmy Państwu powierzyć dotyczą m.in.:
(1) przygotowania pakietu narzędzi do analizy wyników modelowania,
(2) stworzenia webowego interfejsu do automatycznej analizy wyników symulacji,
(3) stworzenia metod text/data-miningowych wspomagających modelowanie komputerowe,
(4) przygotowania narzędzi do zautomatyzowanego testowania rozwijanych w Laboratorium metod,
(5) rozwijania metod modelowania oddziaływań białek (np. oddziaływań białko-peptyd, białko-białko) oraz ich dostosowaniem do potrzeb projektowania leków.
Laboratorium zajmuje się rozwijaniem metod modelowania molekularnego białek (do przewidywania struktury białek, symulacji ich dynamiki oraz badania oddziaływań). Pakiet rozwijanych w naszej pracowni metod cieszy się sporym zainteresowaniem i ma potencjał komercjalizacyjny w przemyśle farmaceutycznym. Zajmujemy się również zastosowaniem różnego rodzaju metod (modelowania, bioinformatycznych, statystycznych) we wspomaganiu projektowania leków oraz interpretacji danych eksperymentalnych. Zaangażowanym współpracownikom oferujemy stypendia naukowe oraz udział w międzynarodowych konferencjach. Szczegółowe informacje na temat pracy Laboratorium oraz ostatnie publikacje można znaleźć na naszej stronie.
Zadania, które moglibyśmy Państwu powierzyć dotyczą m.in.:
(1) przygotowania pakietu narzędzi do analizy wyników modelowania,
(2) stworzenia webowego interfejsu do automatycznej analizy wyników symulacji,
(3) stworzenia metod text/data-miningowych wspomagających modelowanie komputerowe,
(4) przygotowania narzędzi do zautomatyzowanego testowania rozwijanych w Laboratorium metod,
(5) rozwijania metod modelowania oddziaływań białek (np. oddziaływań białko-peptyd, białko-białko) oraz ich dostosowaniem do potrzeb projektowania leków.
Zainteresowane osoby prosimy o przesłanie wiadomości e-mail na adres sekmi@chem.uw.edu.pl
in english
The Laboratory of Theory of Biopolymers, and closely collaborating Laboratory of Computational Biology (CNBCh UW), are currently looking for well-motivated students. The students' work may take form of a thesis (BSc or MSc), participation in a publication project or an internship.
LTB develops molecular modeling methods for proteins (structure prediction, dynamics simulations or modeling protein interactions). The tools we offer are well-recognized in the field and have a potential for commercialization in the pharmaceutical industry. In our work, we also apply a vast array of computational methods (modeling, bioinformatics, statistical) to aid the drug design and experimental data analysis. For commited candidates, we offer stipends and participation in scientific conferences. Further details and recent publications are available online on our website.
The tasks we have prepared for the newcomers include the development of:
(1) a software package for analysis of modeling results
(2) a web interface for automatic simulation analysis
(3) text/data-mining methods to aid computational modeling
(4) tools for automated tests of our methods
(5) modeling methods for protein-protein interactions (protein-peptide, protein-protein) and their application for drug design.
To apply send your CV to sekmi@chem.uw.edu.pl
LTB develops molecular modeling methods for proteins (structure prediction, dynamics simulations or modeling protein interactions). The tools we offer are well-recognized in the field and have a potential for commercialization in the pharmaceutical industry. In our work, we also apply a vast array of computational methods (modeling, bioinformatics, statistical) to aid the drug design and experimental data analysis. For commited candidates, we offer stipends and participation in scientific conferences. Further details and recent publications are available online on our website.
The tasks we have prepared for the newcomers include the development of:
(1) a software package for analysis of modeling results
(2) a web interface for automatic simulation analysis
(3) text/data-mining methods to aid computational modeling
(4) tools for automated tests of our methods
(5) modeling methods for protein-protein interactions (protein-peptide, protein-protein) and their application for drug design.
To apply send your CV to sekmi@chem.uw.edu.pl
For PhD students and post-docs candidates (dla doktorantów i doktorów)
We are currently looking for candidates for PhD students and postdocs interested in the development of new techniques and strategies for modeling of protein-protein and protein-peptide complexes. We aim for innovative and effective methods suited for design of protein and peptide therapeutics. Such methods are highly awaited by the pharmaceutical industry and the academic community. Check also our very recent publications in the subject:
We are looking for motivated candidates with programming skills. Best candidates will be offered trainings, stipends or full time jobs. Interested candidates should send resume to prof. Andrzej Kolinski.
Materials from "Lecture on Molecular Modeling - Andrzej Kolinski 2022"
Materials from lecture "Structure of polymers and biopolymers"(materiały z wykładu "Struktura polimerów i biopolimerów")
Dodatkowe informacje: http://212.87.3.231/bioshell/2015/11/10/Struktura_Biopolimerow/